Das ist normal so.
Der MAS (Mac App Store) erkennt Anwendungen nur dann, wenn diese auch über den MAS gekauft/gedownloadet wurden. Da du aber die Disc-Version von iLife hast, diese von der Disc installiert wurde, erkennt der MAS diese Version nicht. Ähnlich ist es mit Anwendungen, die du sowohl von der Website des Herstellers als auch im MAS runterladen kannst - solange du die Sachen nicht direkt im MAS ziehst, scheinen sie dort nicht auf.
Besonders große Vorteile hat der MAS aber imho sowieso nicht: Anwendungen, die du direkt auf der Hersteller-HP kaufst, sind oftmals günstiger, weil die meisten Apps in $ abgerechnet werden und der tatsächliche Umrechnungskurs weit besser ist als der Apple-Umrechnungskurs. Weiterer Nachteil ist, dass Apps nur dann im MAS angeboten werden, wenn sie Apples Richtlinien nicht verletzen. Dementsprechend kann es dazu kommen, dass die Version im MAS weniger Features hat als die frei verkaufte Version, eben deswegen weil Apple diese Features nicht freigegeben hat und der Hersteller diese entfernen musste. Außerdem müssen MAS-Kunden oft länger auf ihre Updates warten, weil es auch im MAS den berühmt/berüchtigten Approval-Prozess gibt, der schonmal 1 Woche dauert. Zuletzt kann es dir passieren, dass du bestimmte Apps, die du zwar im MAS vor langer Zeit mal gekauft hast, danach aber aus irgendeinem Grund aus dem MAS entfernt wurden, nicht mehr laden kannst - eben, weil sie da drin nicht mehr existieren.
Wenn es dir hauptsächlich um den schmerzfreien Update-Prozess der installierten Apps geht, schau dir mal AppFresh an. Natürlich nicht ganz so glattpoliert und fehlerfrei, dafür für alle installierten Apps!