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Du musst im System erst scannen und wenn ein Planet mit Artefakt etc. entdeckt wurde, wird er mit nem roten Ring markiert. Dann kannst du ihn anfliegen und auch scannen. Sind insgesamt aber nur sehr wenige Planeten, die man anfliegen kann. Ob du im System dann alles gefunden hast, siehst du an der Prozentanzeige links oben.
Nein, nicht immer. Es gibt Nebenmissionen, die verfallen, wenn man vorher bereits eine der Storymissionen abgeschlossen hat. Die sollte man sowieso immer als letztes spielen und vorher alle offenen Nebenquests machen, die man haben möchte.