Es wird von der Story davon ausgegangen, dass Galen Marek in der Mitte des ersten Teils bereits in eine Eiskammer (halt Starrezelle, keine Ahnung was genau) gesteckt wurde, und zwar genau dann, als er von Darth Vader verraten und ins All geschmissen wird, wo er von einem Roboter eingesammelt wird. Man spielt dann praktisch ab dem Zeitpunkt, wo man sich in der Station wiederfindet und seine Glaszelle mit Repulse freisprengen kann einen Klon, der denn auch halt im richtigen Ende des Vorgängers stirbt.