Es ist wohl so, dass Thomas Zane seine Frau verloren hat. Die Dunkelheit am Cauldron Lake scheint ihn überredet zu haben, dass er sie zurückbringen könne, indem er - ähnlich wie später Alan - sie "zurück" schreibt. Die Dunkelheit übernimmt jedoch die Kontrolle über den Verlauf des Skripts (da Zane in seiner Verzweiflung offenbar leicht manipulierbar war), sodass sie dadurch in Form seiner Frau (Barbara Jagger) Gestalt annehmen kann. Zane wird das anscheinend bewusst, kann sich irgendwie retten und führt das Skript somit nicht vollends zu Ende.
Erste Fragen bis hierhin: Wie konnte er fliehen? Was genau ist mit ihm geschehen? Wie konnte er später über Alan und den Klicker Bescheid wissen - und vor allem: Wie kann er einen zweiten Klicker besitzen?
Nun ist Alan an der Reihe:
Die Dunkelheit erfährt - nachdem Alan seine Anwesenheit nicht geheim halten konnte - von einem neuen Schriftsteller und sieht in Alan die Chance, dass Skript für sich und damit seine Machtvollendung (?) abzuschließen.
Dazu wird Alice mehr oder weniger als "Geisel" genommen, was Alan dazu nötigen soll, das Skript weiterzuführen, da auch ihm eingeredet wird, dass Alice ertrunken sei und er sie durch die Fortführung des Skripts zurückbringen könne.
Zum Glück erinnert er sich daran im Verlauf der Handlung und erkennt, dass - da das Skript noch nicht beendet wurde - er die Handlung auch nach seinem eigenen Willen noch umschreiben kann.
Doch schon zu Beginn und während des Spiels kommen ja teils Anmerkungen von Alan, dass eine Geschichte immer eine Balance finden muss, eine sachgerechte Fortführung verlangt etc., sodass er - und indirekt auch Zane - sich eingestehen muss, dass er nicht aus heiterem Himmel seine Frau zurückholen kann. Bei Zane kennen wir den unglücklichen Verlauf, bei Alan...
Bei Alan läuft es etwas anders, womit wir zum Ende kommen: Alan schafft es, Alice zu befreien (Endszene, Alice rettet sich ans Ufer), während er nicht mehr mit ihr zusammenkommen kann, sondern sich im Gegenzug der Welt der Dunkelheit opfert (symbolisch dafür sein Sprung in den Cauldron Lake), um dort die Geschichte zu beenden mit dem Ziel, die Dunkelheit zu bekämpfen, denn:
In der Endszene wird deutlich, dass die Dunkelheit in Form von Rosa und Nightingale immer noch existiert - Alan stellt deshalb auch fest, dass die Dunkelheit nicht nur im Cauldron "Lake" mit Barbara Jagger, die er mit dem Klicker (Klicker wohl deshalb, weil's laut Erklärung im Rückblick ein Symbol bzw. einen Gegenstand zur Bekämpfung gegen die Angst der Dunkelheit darstellt?) eigentlich "vernichtet" haben wollte, lebt, sondern sich verbreitet und damit weitreichender zu sein scheint ("...es ist ein Ozean"), als vermutet.
Der "wahre" Alan schreibt von nun an also die Geschichte weiter (deshalb auch die "..." zum Schluss), während Mr. Scratch (eine "Erschaffung" von Alan?) ihn in der realen Welt als Protagonist vertreten soll (deshalb die "Doppelgänger"-Szene am Ende) - was letztlich dann auch in aller Gesamtheit für eine Fortsetzung spricht.
ABER: Meine Theorie kann zerbrechen am Knackpunkt Zane. Er schien von Alan aus irgendeinem Grund zu wissen (siehe bereits weiter oben), seine Entwicklung wird kaum näher erläutert und so stellt sich die Frage: Ist womöglich Zane derjenige, der an oberster Stelle immer noch aktiv sitzt? Ist Alan damit womöglich auch nur ein erschaffener Teil einer Geschichte?