Neptune Flux ist ein Story-getriebenes Open-World Adventure, angesiedelt in einem Science-Fiction Ozean voller Mysterien und Schönheiten. Die Welt darüber ist eine Staubschüssel und die Flucht in den Weltraum außer Reichweite. Die letzte Hoffnung der Menschheit ist daher das unangetastete Ecosystem der tiefen See, sowie dem führenden Unternehmen A.Q.U.A., die sich auf die Unterwasserbevölkerung spezialisiert haben.
Ihr selbst nehmt die Rolle von Sarah ein, eine A.Q.U.A. Mitarbeiterin, dessen Aufgabe es ist, die Quelle einer störenden Energie zu finden, die A.Q.U.A. beeinträchtigt. Während ihr euch außerhalb von A.Q.U.A. bewegt und die See erkunden, deckt ihr die dunklen Geheimnisse auf, die darin lauern.
