Es gibt eine Textnachricht im Spiel in dem gesagt wird das das "unbekannte Signal" die Unterfunktionen von Gaja zu vollwertigen KI aufgewertet hat, was zur Aktivierung von Hades und der Selbstzerstörung von Gaja geführt hat.
Daraufhin erfolgte die Flucht der Unterfunktionen, Hades ist dabei in dem Titanen gelandet, wo die anderen abgeblieben sind ist unbekannt.
Jetzt kann man spekulieren woher das Signal kam, möglich das es von der noch existierenden Odyssee kam, was mE aber weitere Fragen aufwirft. Woher sollte zB die Besatzung der Odyssee das richtige Signal für die Aktivierung kennen? Odyssee und Zero Dawn waren zwei völlig verschiedene Projekte zur Rettung der Menschheit, ich sehe keinen Grund warum die Odyssee Codes von Projekt Zero Dawn erhalten haben sollte, und diese erst nach fast 1000 Jahren benutzt.
Es gibt ja auch Spekulationen das möglicherweise Aliens hinter dem Signal stecken, die auch dafür verantwortlich sind das sich der Schwarm im 21. Jahrhundert selbständig gemacht hat.
Laut den Textlogs im Mutterberg war die Erde übrigens im 24. Jahrhundert wieder bewohnbar was zur Aktivierung der künstlichen Gebärmütter führte. Laut Plan sollte sich Apollo aktivieren sobald die ersten Kinder ein bestimmtes Alter erreicht haben, das geschah aber nicht weil Apollo von Ted Faro sabotiert wurde (wie ich finde war das sein größtes Verbrechen, weil das verdammte Arschloch dadurch das gesamte Wissen der Menschheit vernichtet hat) die Kinder fingen an sich zu langweilen, ihre Robo-Erzieher waren überfordert, irgendwann gingen auch die Nahrungsvorräte aus, und so kam es das die lieben Kleinen aus dem Berg geworfen wurden, was dann zur Entstehung der verschiedenen Clans und Stämme führte.