Naja, es kann ALLES passieren. Als ob Bündnisse (gerade gegen einen gemeinsamen Feind) garantieren würden, dass die Bündnispartner deswegen auch nur für die nächsten paar Jahre verbündet bleiben würden.
Dazu gibt es in der Geschichte unzählige Beispiele, 1945 haben Soviets und die Alliierten gemeinsam den Sieg über die Nazis gefeiert, trotzdem was das gleichzeitig der Anfang des Ost-West Konfliktes.
Auch im Halo Universum haben es nicht einmal die Menschen als Spezies geschafft, sich vereint gegen die Allianz zu stellen, es gab immer noch Rebellen die sich gegen das UNSC auflehnten, trotz der Gefahr für die Menschheit als gesamte Spezies.
Und auch die Tatsache, dass Menschen und Allianz-Separatisten kurzzeitig gegen die Restallianz gemeinsame Sache gemacht haben, sagt nichts darüber aus, ob diese fragile Zweckgemeinschaft länger hält.
Außerdem gibt es so viele Möglichkeiten, wie bestimmte Allianz-Rassen wieder in Halo 4 auftauchen können, ohne dass es "die Allianz" ist, wie wir sie kennen.
Beispielsweise könnte sich ein Brute-Schiffsmeister, oder ein sogar ein Flottenmeister mit einer kleineren oder größeren Flotte von (ehemaligen) Allianz-Schiffen selbstständig gemacht haben, nachdem die Allianz auseinander gebrochen ist. Gerade Brutes orientieren sich ja an einer Rudelstruktur und es wäre nicht unglaubwürdig, wenn die Schiffsmeister der Flotte ihrem Flottenmeister auch nach Zusammenbruch der Allianz-Kommandostrukturen weiterhin treu ergeben wären, und sei es nur aus Furcht vor Bestrafung. Aus Furcht vor den Brutes und auch mangels Alternativen wären dann auch andere auf den Schiffen dieser Flotte weiterhin stationierte Rassen, wie Grunts, Schakale und vielleicht auch Jäger gezwungen, weiter Befehlen zu folgen.
Würde so ein "Brute-Warlord" eine Schildwelt der Blutsväter entdecken, könnte er versucht sein, die dortigen Technologien an sich zu reissen, um die Galaxie zu unterwerfen. Schon hätten wir wieder ein Szenario, bei dem von Phantoms, über Ghosts, Banshees und Wraiths das gesamte Arsenal an bekannten und beliebten Allianz-Waffen zum Einsatz kommen könnte.
Und das alles ganz abgesehen davon, dass noch überhaupt gar nicht klar ist, dass die Allianz unter der Führung der Propheten tatsächlich schon komplett Geschichte ist.
